原文件查重是指通过检测一篇文章与已有的文献或网络内容的重复程度来判断其原创性，通常用于学术领域。知网查重则是指利用知网等知识库进行查重，检测文章与知网中的文献是否存在相似内容。原文件查重更注重对文本内容的比对分析，而知网查重更侧重于与知识库中的文献进行比对。

此外，原文件查重可以帮助作者检测自己的文章是否存在抄袭行为，保证学术诚信；而知网查重则能够更全面地检测文章与大量文献之间的关联性，为学术研究提供更多参考依据。两者在应用场景和检测精度上有所差异，需要根据具体需求选择合适的查重方式。